Перед скрытой установкой Foxit Reader 5.3.1 необходимо сначала удалить версию 4.3.
В ней для silent uninstall используется параметр -u или /u:
"c:\Program Files\Foxit Software\Foxit Reader\Uninstall .exe" -u
Но у меня при запуске появлялось сообщение: "Foxit Reader is being used, please exit and retry"
Решилось копированием Uninstall.exe в другой каталог и запуском из него:
c:\temp\Uninstall.exe - u